Выявлена массовая проблема в обработке сайтов с незащищенным соединением. Если на сайте не установлен SSL-сертификат и при этом не настроен редирект с сайта https://example.ru/ на http://example.ru/, то в Панели Вебмастера произойдет склейка этих сайтов. В данной ситуации главным зеркалом будет автоматически выбран сайт с https, даже если защищенное соединение не настроено и сайт по факту недоступен (важен только код ответа сервера). Директива Host в файле robots.txt теперь не поддерживается, поэтому информация в нем учитываться, к сожалению, не будет.
Техподдержка ПС Яндекс дает по этому поводу следующие комментарии:
Если сайт по протоколу https доступен и отвечает кодом 200 ОК, он может индексироваться роботом и без установленного SSL-сертификата. Для выяснения причин доступности сайта вы можете обратиться к вашему хостинг-провайдеру.
Поддержка директивы Host была отключена, поэтому для указания на главное зеркало мы рекомендуем установить редирект 301 со страниц неглавных зеркал на аналогичные страницы желаемого главного зеркала. При установленном редиректе главное зеркало в группе сможет смениться в течение 2-3 недель.
1) все-таки установить SSL-сертификат на сайт. В настоящее время факт установки данного сертификата является показателем качественного ресурса;
2) в случае, когда SSL-сертификат по каким-либо причинам установить не удается, необходимо проверить код ответа сервера для протокола https. Если сайт отвечает кодом 200 ОК, то нужно обязательно настроить 301-редирект.